Do chúng thường được hỗ trợ bởi các khoản đóng góp, mối quan tâm phổ biến về các INGO là tiền đi đâu và liệu nó có được chi tiêu hiệu quả hay không. Chi phí hành chính cao có thể là một dấu hiệu của sự kém hiệu quả, làm giàu của nhân viên với chi phí của người thụ hưởng, biển thủ hoặc đánh giá sai các quỹ cho các quan chức địa phương hoặc chế độ độc tài.[7] Nhiều nỗ lực đã được thực hiện để khắc phục trách nhiệm giải trình của các INGO xung quanh nơi và tiền của họ đang được sử dụng.[8] Các trang web như Charity Navigator và GiveWell cố gắng cung cấp sự minh bạch về chi phí quản lý, chi phí cho các hoạt động nào, liệu có quyên góp nhiều hơn và các hoạt động có hiệu quả về chi phí so với các hoạt động từ thiện hoặc hoạt động tiềm năng khác.

Một chỉ trích khác là nhiều người được hưởng lợi từ INGO không có cách nào ảnh hưởng đến các hoạt động đó và khiến các tổ chức phải chịu trách nhiệm.[9] (ví dụ bằng cách đe dọa từ chối quyên góp). Một số tổ chức từ thiện thu hút sự tham gia của cộng đồng địa phương để tránh các vấn đề liên quan đến năng lực liên văn hóa và tránh những hậu quả không lường trước do thiếu khả năng mua bán hoặc thiếu kiến thức về điều kiện địa phương.

Vào tháng 3 năm 2015, Tạp chí Quan hệ Quốc tế Châu Âu đã chỉ trích tác động của INGO đối với việc ra quyết định của chính phủ, cho rằng họ đang làm chậm sự hội nhập của các nước đang phát triển vào nền kinh tế toàn cầu.[10]